Interpretację można zmienić tylko w określonym trybie

Organ podatkowy nie może w odpowiedzi na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa zmienić interpretacji podatkowej. Reakcją organu na takie wezwanie może być albo odpowiedź na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa (jej doręczenie), albo pozostanie biernym w przedmiocie udzielenia odpowiedzi na wezwanie.

Spółka w styczniu 2006 r. jako nabywca zawarła wraz z najemcą oraz deweloperem przedwstępną umowę najmu nieruchomości. Na działce deweloper zobowiązał się wybudować zaprojektowany specjalnie na potrzebny najemcy budynek biurowo-studyjny. Ponadto spółka jako kupujący podpisała z deweloperem warunkową umowę sprzedaży tej nieruchomości, obie umowy były następnie modyfikowane przez aneksy. Budynek przed nabyciem nieruchomości miał zostać wybudowany przez dewelopera i przekazany do używania na podstawie umowy najmu na rzecz najemcy. Nieruchomość miała zostać nabyta przez spółkę, która w tym momencie docelowo stawała się wynajmującym.

Z powodu zmiany warunków na rynku nieruchomości deweloper zwrócił się do spółki o rozważenie możliwości odstąpienia od umowy nabycia nieruchomości. Po negocjacjach ustalono kwotę, którą uiścił deweloper. Kwota ta znacznie przewyższała wszystkie wydatki poniesione w związku z przedsięwzięciem i spółka osiągnęła znaczny dochód. Dlatego spółka chciała zaliczyć do kosztów uzyskania przychodu wydatki poniesione w związku z zawarciem i wykonywaniem umowy sprzedaży. W interpretacji organ podatkowy uznał prawo do części kosztów. Nie zgodził się jednak na uznanie za koszty podatkowe transakcji wydatków na: opłaty notarialne dotyczące zawarcia umowy najmu wraz z aneksami, pośrednika nieruchomości, operaty szacunkowe, oraz doradztwo prawne i podatkowe. Po wezwaniu do usunięcia naruszenia prawa minister finansów częściowo zmienił interpretację, ale spółka zaskarżyła ją do sądu.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił interpretację, bo uznał, że w sprawie naruszono zarówno przepisy proceduralne, jak i materialne. Jednak w duże mierze skupił się na kwestiach związanych z samym wydaniem interpretacji. Sąd zwrócił uwagę, że w przypadku aktów (w tym interpretacji indywidualnych) wezwanie organu do usunięcia naruszenia prawa jest wyrazem jednoznacznego niezadowolenia uprawnionego podmiotu z treści danego aktu i jednocześnie bezpośrednią zapowiedzią jego zaskarżenia do sądu administracyjnego. Stanowi bowiem wymóg, który należy spełnić, aby móc skorzystać ze środka prawnego w postaci skargi. Ni mniej, ni więcej uprawniony podmiot, składając rzeczone wezwanie, daje do zrozumienia organowi, aby sam podjął działania zmierzające do przywrócenia stanu zgodnego z prawem. Podatnik sygnalizuje, że w przypadku pozostawienia aktu w kształcie dotychczasowym zostanie uruchomiony tryb sądowego wyeliminowania tego aktu z obrotu prawnego. W ten sposób jeszcze przed wszczęciem postępowania sądowego organ ma szansę ocenić zasadność żądania strony i ewentualnie podjąć własne działania zmierzające do naprawienia aktu niezgodnego z prawem.

Sąd wyjaśnił, że reakcją organu może być albo odpowiedź na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa (jej doręczenie), albo pozostanie biernym w przedmiocie udzielenia odpowiedzi na wezwanie. W ocenie WSA organ odpowiedzią na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa nie ma mocy dokonania zmian w treści aktu objętego wezwaniem. Nie może w niego ingerować ani stanowić o innym ukształtowaniu praw i obowiązków strony niż wynikające z tego aktu. Zdaniem sądu odpowiedź na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa jest w swej wymowie zbliżona do odpowiedzi na skargę. Jest wyrazem tylko i wyłącznie stanowiska organu w kwestii stawianych w wezwaniu zarzutów naruszenia prawa. Organ tą czynnością (sporządzoną odpowiedzią) nic nie zmienia, tylko odnosi się do zgłoszonych wątpliwości prawnych.