Doszacowanie w zakresie cen transferowych nie oznacza automatycznego zakończenia sporu

Do podwójnego opodatkowania może dojść np. w sytuacji, gdy polska administracja podatkowa uzna, że wynagrodzenie wypłacone przez polską spółkę z tytułu zakupu towarów od zagranicznego podmiotu powiązanego nie zostało ustalone na poziomie rynkowym. Obniżenie ceny zakupu zastosowanej w ramach transakcji spowoduje zmniejszenie wysokości kosztów odliczonych przez polską spółkę. W efekcie część dochodów będzie jednocześnie opodatkowana w dwóch jurysdykcjach podatkowych: za granicą jako nadwyżka nad ceną rynkową i w Polsce poprzez brak odliczenia tej nadwyżki.