Koniec wielkiej ucieczki

Michael Scofield (Wentworth Miller) i jego brat Lincoln (Dominic Purcell) ponownie trafiają do więzienia. Tym razem jednak nie muszą z niego uciekać. Wystarczy, że pójdą na współpracę z agentem Donem Selfem (Michael Rapaport) z Departamentu Bezpieczeństwa USA. Na wolności muszą się włamać do siedziby organizacji znanej jako Firma i odzyskać od niej dysk komputerowy o nazwie Scylla - są na nim lista agentów i dane o operacjach tej przestępczej organizacji. Ma im w tym pomóc ekipa składająca się z byłego agent FBI Mahone (William Fichtner), byłego strażnika więziennego Bellicka (Wade Williams), złodzieja Sucre (Amaury Nolasco) i eksperta komputerowego Rolanda Glenna (James Hiroyuki Liao). Szybko okazuje się jednak, że braci Michaela i Lincolna czeka dużo trudniejsze zadanie niż włamanie do Firmy.